Институт педагогики является структурным подразделением Башкирского государственного педагогического университета им. М.Акмуллы с 2001 года, осуществляющим многоплановую совместную деятельность с Министерствами образования РФ и РБ, Управлением образования администрации г. Уфы и НИМЦ, отделами образования городов и районов, а также образовательными учреждениями РБ.